Bazuar në VKM Nr. 607, datë 31.08.2016 "Për Krijimin, Përbërjen, Organizimin dhe Funksionimin e Agjencisë Kombëtare të Kërkimit Shkencor, Teknologjisë dhe Inovacionit"., Bordi Drejtues është organi kolegjial vendimmarrës i AKKSHI-së, që kryesohet nga Ministri i Arsimit dhe Sportit. Bordi funksionon sipas parimit të barazisë së anëtarëve dhe mblidhet jo më pak se 6 herë në vit.
Në përbërje të Bordit Drejtues, janë:
- ministri i shtetit për Inovacionin dhe Administratën Publike;
- dy përfaqësues të nivelit të lartë të Ministrisë së Arsimit dhe Sportit;
- drejtorin e Agjencisë Kombëtare të Financimit të Arsimit të Lartë;
- drejtorin e Agjencisë së Sigurimit të Cilësisë në Arsimin e Lartë;
- përfaqësues nga Akademia e Shkencave e Republikës së Shqipërisë;
- përfaqësues nga Konferenca e Rektorëve.
- përfaqësues nga bashkimi i Dhomave të Tregtisë dhe Industrisë së Shqipërisë;
Funksionet kryesore të Bordit Drejtues janë:
- Miraton, përpara miratimit nga Ministria e Arsimit dhe Sportit, fushat prioritare të kërkimit shkencor, teknologjisë dhe inovacionit që do të financohen;
- Miraton përbërjen e komisioneve të ekspertëve të vlerësimit të programeve dhe projekteve, sipas fushave të shkencës;
- Miraton aktet e brendshme të funksionimit të Agjencisë Kombëtare të Kërkimit Shkencor dhe Inovacionit;
- Propozon në Ministrinë e Arsimit dhe Sportit buxhetin e Agjencisë Kombëtare të Kërkimit Shkencor dhe Inovacionit;
- Miraton financimin e projekteve në fushën e kërkimit shkencor, teknologjisë dhe inovacionit dhe projektet e studimeve të doktoratës, bazuar në:
i) fushat prioritare të kërkimit shkencor, teknologjisë dhe inovacionit, të miratuara nga Ministria e Arsimit e Sportit;
ii) grantin e punës kërkimore-shkencore;
iii) vlerësimin e komisioneve të ekspertëve të programeve dhe projekteve.
- Miraton rezultatet e procesit të vlerësimit të veprimtarisë kërkimore-shkencore të njësive bazë të institucioneve të arsimit të lartë përpara se këto rezultate dhe renditja përfundimtare t’i komunikohet Agjencisë Kombëtare të Financimit të Arsimit të Lartë;
- Miraton raportin vjetor të veprimtarisë së Agjencisë Kombëtare të Kërkimit Shkencor dhe Inovacionit brenda katërmujorit të parë të vitit pasardhës, i cili bëhet publik.