Misioni i Drejtorisë së Programeve Kombëtare është ndjekja, administrimi, menaxhimi dhe realizimi i të gjitha Programeve Kombëtare të Kërkimit dhe të Zhvillimit (PPKZH), të Programit të Qendrave Kombëtare të Ekselencës (PQKE) dhe të Programit të Teknologjisë dhe Inovacionit në vend.